A fermentação é benéfica para a saúde humana, pois os microrganismos produzem ácidos e álcool que inibem o crescimento de organismos perigosos. O consumo de alimentos ricos em microrganismos do bem pode contribuir para a saúde, melhorando a composição da microbiota intestinal e prevenindo alergias e doenças crônicas e autoimunes. Os alimentos fermentados podem ser um elo perdido que ajude a voltar a ter um contato seguro e saudável com os microrganismos, destacando a importância de procurar receitas de fermentações caseiras. Além disso, a fermentação é um método de processar o alimento que qualquer pessoa pode fazer em casa com poucos materiais, sem gasto de energia, apenas tomando os mesmos cuidados de higiene que a culinária também exige. A internet está cheia de receitas de fermentados com diferentes vegetais, leite, frutas, além dos já tradicionais kombucha, kefir e pão de fermentação natural, que estão bem na moda. A fermentação é fundamental para a vida desses microrganismos, uma vez que a ação fornece energia a eles. É possível se apropriar desse método para depender menos de intermediários na transformação dos alimentos consumidos e, assim, girar a economia local e entender o processo de fabricação de sua própria subsistência alimentar. O especialista destaca o papel da fermentação para a soberania alimentar, conceito relacionado ao direito de acesso contínuo a alimentos saudáveis e à preservação das tradições culturais das respectivas comunidades e regiões.
Percentualmente, apenas 4% desses microrganismos prejudicam a saúde humana. Alguns pesquisadores consideram que deveria ser padronizado um consumo diário desses microrganismos, assim como é feito para os nutrientes em geral.